Kirgizisztánban, az üzbég határ melletti Talasz völgyben található apró faluban, Sekerben született. Kisgyermek korában családja nomád, vándorló életmódot folytatott, mint akkoriban a legtöbb kirgiz. Csak hat osztályt fejezett be az általános iskolából, majd 14 éves korában (a második világháború idején) a falusi tanács elnöke lett és az adók beszedésével is őt bízták meg.
1946-ban a frunzei Kirgiz Mezőgazdasági Intézet állattenyésztési szakán kezdte meg tanulmányait, amelyet a kazahsztáni Dzsambulban (ma Taraz) folytatott, ahol 1953-ban szerzett állatorvosi diplomát, és egy kísérleti farmon kezdett dolgozni.
Első publikációja 1952-ben jelent meg a Szovjet Kirgízia című folyóiratban, „A kirgiz nyelv terminológiája” címmel, amelyben anyanyelvének az orosz nyelvből átvett szavak eredményeként elért gazdagodását mérte fel. Első művét több novella követte, amelyek után felvételt nyert a moszkvai Gorkij Irodalmi Intézetbe, ahol 1958-ban szerzett diplomát.
Ajtmatov számára a hírnevet a Dzsamila szerelme című kisregény hozta meg, amelyről Louis Aragon azt írta: „Ez a világ legszebb szerelmes története”. Ezt követte Az első tanító, amelynek lelkes, fiatal hőse – jóllehet maga sem tud rendesen írni-olvasni – mégis tanítani kezd, felkavarva a kis kirgiz falu életét. 1967-ben A versenyló halála című regényében hű képet adott a lovas, nomád népek gyors modernizációra ítélt életformájáról, bensőségesen írt ember és állat ősi kapcsolatáról.
1970-ben adták ki legköltőibbnek tartott alkotását, az ősi motívumokban gazdag, meseszerű Fehér hajót, melyben egy hétéves kisfiú keresi az emberséget a kirgiz hétköznapok embertelen világában. 1981-ben jelent meg Az évszázadnál hosszabb ez a nap című regénye, amelyben az ősi hagyományok megőrzésének szándékát állítja szembe az űrfegyverkezés sci-fi világával. Műveinek visszatérő motívuma a türk népek élete, életmódja, és az a kérdés, hogy a modernizáció hogyan fosztja meg az embereket egyéniségüktől. Ajtmatov mélységesen emberbarát, népének híve, műveibe mélyen beágyazódott a kritika a rendszer ellen, amelyben élni kényszerült.
Nem mellékesen Ajtmatovból 90 millió példányt adtak el világszerte, műveit több mint száz nyelvre fordították le, a Kirgiz Legfelső Tanács tagja, ott parádézott az SZKP utolsó négy Kongresszusán kirgiz kommunistaként. A Lenin-rend, az Állami-díj és a Szocialista Munka Hőse kitüntetések büszke tulajdonosa.
Nyolcvankilencben a „Mozgalom a Demokráciáért” nevű szervezet élére áll.
Ilyen bonyolult dolog volt élni a kommunizmusban. Aki nem tudja, ne tudja meg.
2008-ban bekövetkezett haláláig a Kirgiz Köztársaság brüsszeli nagykövete, ő képviseli Kirgizisztánt az Európai Unióban, a NATOban, az UNESCOban, valamint Hollandiában és Luxemburgban is.
Már több könyvét olvastam Ajtmatovnak, mondhatni ismerős íróm.
Szeretem olvasni.
Ami leginkább megérint tőle, az a rendkívüli emberszeretete.
Hogy mindenütt, minden körülmények között az embert nézi, mégpedig azt, ahogyan az ember a fény felé törekszik.
Regényei, történetei a kommunista Szovjetunióban játszódnak, mégis teljesen politikamentesek.
Azt is mondhatnám, hogy a történelmi díszlet sokszor csak jelképes nála. Hogy más korokban is el lehetne mondani más színfalak között ugyanezeket a meséket.
És gyanítom ettől maradandóak.
És épp e jelképes díszletkezelés miatt figyelhet ő is és mi is jobban az emberre.
Nem annyira boncolja szereplői lelkét, mint inkább simogatja, öntözgeti őket, és megmutatja, hogy igen, az ember, az emberi lét szép.
Minden ellenére, mindennel együtt, és épp azért.
A szállongó nedvességgel és hideggel átitatott, vaksötét tengerparti éjszakában, az Ohotszki-partvidék egész hosszában, a szárazföld és a tenger minden pontján tombolt a két elem ősi, féktelen harca: a szárazföld gátat vetett a tenger mozgásának, a tenger szüntelenül rohamozta a szárazföldet.